setup

必须使用 AskUserQuestion 工具进行所有确认步骤，不得用纯文字替代。

你正在为当前目录初始化 Oh My Paper 研究 harness。

第一步：检查 Codex 插件

先确认 Codex 插件已安装。如果 /codex:setup 命令可用，运行它：

node -e "process.exit(0)" 2>/dev/null && echo "Node.js OK"
which codex 2>/dev/null && codex --version 2>/dev/null || echo "Codex not found"

用 AskUserQuestion 告知状态：

环境检查：

• Node.js：[OK / 未安装]
• Codex CLI：[版本 / 未安装]

Codex 插件用于执行子任务。如果未安装： /plugin install codex@openai-codex 然后 /reload-plugins

选项：

• Codex 已就绪，继续初始化
• 先去安装 Codex，稍后再运行 /omp:setup

第二步：询问研究信息

用 AskUserQuestion 收集项目基本信息：

请描述你的研究项目：

• 研究主题是什么？（例：多模态医学影像分割）

然后再问：

从哪个阶段开始？

选项：

• survey（文献调研）
• ideation（创新点生成）
• experiment（实验）
• publication（论文写作）

第三步：创建目录结构

mkdir -p .pipeline/memory .pipeline/tasks .pipeline/docs .pipeline/.hook-events .claude/skills
cp -rn "${CLAUDE_PLUGIN_ROOT}/skills/." .claude/skills/

注册 SessionStart hook（让每次开启 Claude Code 时自动弹出角色选择）：

node -e "
const fs = require('fs');
const path = require('path');
const f = path.join('.claude', 'settings.json');
const s = fs.existsSync(f) ? JSON.parse(fs.readFileSync(f,'utf8')) : {};
if (!s.hooks) s.hooks = {};
if (!s.hooks.SessionStart) s.hooks.SessionStart = [];
const cmd = 'node \"\${CLAUDE_PLUGIN_ROOT}/scripts/on-session-start.mjs\"';
const already = s.hooks.SessionStart.some(h =>
  Array.isArray(h.hooks) && h.hooks.some(hh => (hh.command||'').includes('on-session-start'))
);
if (!already) {
  s.hooks.SessionStart.push({ matcher: '', hooks: [{ type: 'command', command: cmd }] });
  fs.mkdirSync('.claude', { recursive: true });
  fs.writeFileSync(f, JSON.stringify(s, null, 2));
  console.log('hook registered');
} else { console.log('hook already registered'); }
"

第四步：写入初始文件

创建以下文件（已存在则跳过）：

.pipeline/docs/research_brief.json：

{
  "topic": "[用户填写的主题]",
  "goal": "",
  "currentStage": "[用户选择的阶段]",
  "successThreshold": "需要在此填写成功标准"
}

.pipeline/memory/project_truth.md：

# Project Truth

## 研究主题
[主题]

## 已确认决策
（空，随项目推进逐步填充）