update-pubmed-links

更新 PubMed 文献链接

这个命令用于查询和更新 Reference_list.md 中文献的 PubMed 链接、DOI 和全文下载链接。

参数说明

• $ARGUMENTS - 可选参数
  • start - 起始文献序号（默认从 1 开始）
  • end - 结束文献序号（默认到最后一篇）
  • --force - 强制重新查询已更新的文献

执行步骤

1. 环境检查

首先使用 pubmed_system_check 验证 MCP 工具可用性。

2. 读取文献列表

使用 Read 工具读取 Reference_list.md，解析所有文献引用。

3. 解析文献信息

对每篇文献提取：

• 序号
• 第一作者姓氏
• 题目关键词（2-3个核心词）
• 期刊名
• 发表年份

4. 查询 PubMed

使用以下搜索策略（按优先级）：

策略 A: 作者姓氏 + 题目关键词

pubmed_search(
    query=f"{first_author} AND {keyword1} AND {keyword2}",
    max_results=5
)

策略 B: 期刊名 + 年份 + 关键词

pubmed_search(
    query=f"{journal}[ta] AND {year}[dp] AND {keyword}",
    max_results=5
)

5. 验证匹配结果

检查返回结果是否匹配：

• PMID 存在
• 作者姓名匹配
• 题目相似度 >80%
• 年份一致
• 期刊名匹配

6. 获取详细信息

对匹配的文献使用 pubmed_get_details 获取：

• PMID
• DOI
• 全文链接
• 开放获取状态

7. 检测全文可用性

使用 pubmed_detect_fulltext 检查是否可下载全文。

8. 更新文档

在原始引用后添加链接信息：

[序号] 作者. 题目[J]. 期刊名, 年份, 卷(期): 页码.
- **PMID**: {PMID}
- **PubMed**: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/{PMID}/
- **DOI**: https://doi.org/{DOI}
- **Fulltext**: {状态/链接}

9. 批量处理优化

• 每处理 5 篇文献后报告进度
• 使用 pubmed_cache_info 检查缓存状态
• 如遇连续失败，暂停并询问是否继续

10. 完成报告

输出处理结果摘要：

• 总处理文献数
• 成功更新数
• 未找到匹配数
• 需要人工确认数

使用示例

/update-pubmed-links              # 处理所有文献
/update-pubmed-links 1 10         # 只处理文献 1-10
/update-pubmed-links 50 100       # 处理文献 50-100
/update-pubmed-links --force      # 强制重新查询所有文献

注意事项

1. 不修改原始引用 - 仅在引用后添加链接信息
2. 标注不确定项 - 对无法确认的匹配添加 ⚠️ 标记
3. 合理超时 - 单次查询超时 30 秒
4. 保持原格式 - 维持 markdown 格式一致性