rootcause-mcp copilot-instructions.md

Copilot 自定義指令

此文件為 VS Code GitHub Copilot 及 Claude Code 提供專案上下文與操作規範。

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專案概述

這是 RootCause MCP 2.x 臨床推理與醫療根因分析專案。它以 MCP SDK 2 提供 46 個 discrete tools 或 8 個 condensed facade tools，讓不同 host agent 將多來源、去識別化病歷整理成具來源血緣的時間線、鑑別診斷、evidence links、認知偏誤審查、Fishbone／Why／HFACS 保守因果稽核與標準化交接產物。

RootCause 是回溯性決策支援與稽核 harness，不是自主診斷或治療系統。所有 case workflow 必須遵守 exact provenance、PHI 最小化、保守因果判定及 qualified-human review。

MCP 本身不會思考或下診斷；host Agent 負責臨床推論，RootCause MCP 只保存、驗證與約束可稽核產物。對醫師的敘述使用繁體中文，diagnosis、test、drug、procedure 等標準名稱保留 English；首次出現的既定縮寫可附繁中對照，來源中的原文與單位不得翻譯改寫。

建立 DDx 時，先以 phenotype、time course 與不同 mechanism category 展開最大合理廣度，再選 syndrome-appropriate framework 逐一審查所有 required cells。Final PRIMARY breadth audit 不得留下 NOT_ASSESSED；REVIEWED_INSUFFICIENT_DATA 必須保留 unknowns 與 typed planned discriminators，不能視為排除。三個不重複候選是 deterministic finalization floor，不是推理目標或上限；同時避免同義重複與無限 laundry list。每個 active candidate 都要說明 why considered、source-linked support／refute／neutral evidence、unknown、discriminating test 與 qualitative certainty，並用具理由的 mutation 明確選擇 leading diagnosis。unknown 不是 negative finding；不得捏造 probability 或 LR，LR=1.0 只能表示 neutral／quantitatively unknown。非中性 LR 必須另外連到 verified LITERATURE calibration evidence，不能只寫一個看似合法的 citation 字串。

時間必須保留來源精度：只有來源自帶 offset 的 instant 可排序或支持 temporality；date、range、relative、unknown 都是合法 final 狀態，但不可被補成假時間。Pinned manifest 的 identity/digest 不可改；抽取後以 allowlisted reviewer 的 rc_adjudicate_source append review/independence event。每個 Fishbone cause 也必須由 allowlisted reviewer persist HFACS CONFIRMED 或 NOT_APPLICABLE disposition，不能把 suggestion 或 rc_add_cause 的任意 code 當人工確認。

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開發哲學 💡

「想要寫文件的時候，就更新 Memory Bank 吧！」

「想要零散測試的時候，就寫測試檔案進 tests/ 資料夾吧！」

• 不要另開檔案寫筆記，直接寫進 Memory Bank
• 今天的零散測試，就是明天的回歸測試

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法規層級

CONSTITUTION.md          ← 最高原則（不可違反）
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  ├── .github/bylaws/    ← 子法（細則規範）
  │     ├── ddd-architecture.md
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