annota: Skill for Claude Code

论文智能标注

你将对一篇学术论文 PDF 执行智能标注。严格遵循两阶段工作流。

输入解析

用户输入：$ARGUMENTS

从输入中提取：

1. 目标 PDF：文件路径、论文标题、或 item key
2. 标注内容（可选）：要标注什么（如"发现结果"、"方法"、"limitation"等）
3. 标注颜色（可选）：如果用户指定了颜色则使用，否则按语义自动选择

如果用户没有指定标注内容，默认执行"四色全覆盖标注"（见下方默认模式）。

颜色语义映射

内容类型	颜色	代码
核心贡献、创新点、novelty	紫色	#a28ae5
方法、算法、模型、架构设计	蓝色	#2EA8E5
实验结果、发现、数据、性能	绿色	#28CA42
问题、不足、limitation、future work	红色	#ff6666
通用/用户未指定单一类型	黄色	#ffd400

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Phase 1 — 理解论文内容

Step 1.1：定位 PDF

如果用户提供了文件路径，直接使用。否则：

• 调用 search_zotero_items(query) 搜索论文
• 获取 pdf_attachment_id

Step 1.2：提取全文

调用 get_pdf_text_bulk(item_id, skip_refs=True) 批量提取纯文本。

Step 1.3：分析内容

如果用户指定了标注目标，只识别该类内容。

如果用户没有指定（默认四色全覆盖模式），识别以下四类，每类至少找 3-5 处最有代表性的句子：

类型	标准	最少数量
贡献/创新点	论文声称的 novelty、"we propose"、"our key insight"	3-5 处
方法/架构	核心技术设计、关键机制、算法描述	3-5 处
实验结果	具体数字、性能对比、improvement 数据	4-6 处
局限/不足	limitation、weakness、future work	2-3 处

输出标注清单（在对话中展示）：

📋 将创建以下标注（共 N 条）：

[紫·贡献] Page 1: "We propose DCC, a novel..."
[紫·贡献] Page 2: "Our key insight is..."
[蓝·方法]  Page 3: "The architecture consists of..."
[蓝·方法]  Page 4: "We design a two-stage pipeline..."
[绿·结果]  Page 6: "achieves 2.3× speedup over baseline"
[绿·结果]  Page 6: "reduces energy by 41%"
[红·不足]  Page 8: "Our approach is limited to..."
...

⚠️ 写入需要关闭 Zotero。请确认已关闭后回复"确认"，或直接说"开始"。

Step 1.4：检查已有标注

调用 list_annotations(item_id) 查看是否已有标注，避免重复。 如果已有大量标注，告知用户并询问是否继续（追加）。

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Phase 2 — 精确标注

Step 2.1：获取目标页坐标

只对包含目标句子的页面调用 get_pdf_layout_text(item_id, page_number)。

绝对不要对每一页都调用这个工具——只调用目标页。 多个目标句子在同一页时，只调用一次该页。

Step 2.2：匹配坐标

在返回的 blocks 中找到目标句子对应的 rect 坐标。 一个句子可能跨多行，需要收集所有匹配行的 rect。 匹配时用子串匹配（句子的前 30 个字符即可定位），不要精确匹配。

Step 2.3：写入标注

用户确认后，调用 batch_annotate 一次性写入所有标注：

{
  "item_id": "...",
  "annotations": [
    {"page_index": 0, "rects": [...], "color": "#a28ae5", "text": "贡献描述..."},
    {"page_index": 2, "rects": [...], "color": "#2EA8E5", "text": "方法描述..."},
    {"page_index": 5, "rects": [...], "color": "#28CA42", "text": "结果数据..."},
    {"page_index": 7, "rects": [...], "color": "#ff6666", "text": "局限说明..."}
  ]
}