dym-scientific-agent-skills-chay-script-bundled-tu-shell

Skill: dym-scientific-agent-skills-chay-script-bundled-tu-shell — Chạy script bundled thẳng từ shell (không cần agent)

Mọi thứ trong file này gõ vào terminal. Prompt cho agent nằm ở 03-dung-skill-trong-agent.md.

Vì sao dùng: 105/163 skill mang thư mục scripts/, và 90 skill trong số đó có script viết bằng argparse. Đây là CLI thật, chạy tất định, không tốn token — dùng được trong Makefile, cron, CI, hoặc chỉ để kiểm nhanh mà không mở agent. Sinh ra cái gì: JSON/TSV trên stdout hoặc file do -o chỉ định, cộng một exit code mà bạn bắt buộc phải branch.

---

Tìm script chạy được

# skill nào có scripts/
ls -d skills/*/scripts | cut -d/ -f2

# script nào là CLI argparse
grep -l argparse skills/*/scripts/*.py | head -20

# mọi script argparse đều trả lời --help (đây là hợp đồng CI của repo)
python skills/paper-lookup/scripts/paginate.py --help

Hợp đồng "--help luôn chạy" không phải lời hứa suông: tests/_contract/cli.py sinh test case cho mọi script argparse trong repo, và tests/_meta chạy nó lên toàn bộ 163 skill trong mỗi PR.

Ví dụ 1 — chuyển toạ độ genomic (thuần stdlib, offline, đã chạy thật)

python skills/genomic-coordinates/scripts/convert_coords.py --list
python skills/genomic-coordinates/scripts/convert_coords.py chr1 1000 2000 --from bed --to gff

Output thật:

contig	input	output	length	status	detail
chr1	1000-2000	1001-2000	1000	ok

Và bảng quy ước từ --list:

format         convention            notes
bed            0-based half-open     BED3/6/12, narrowPeak, broadPeak
gff            1-based inclusive     GFF3
gtf            1-based inclusive     GTF/GFF2, GENCODE, Ensembl
vcf            1-based inclusive     POS..POS+len(REF)-1
sam            1-based inclusive     SAM text POS (BAM stores it 0-based)
interval-list  1-based inclusive     Picard/GATK

Script cùng skill: audit_intervals.py, check_contigs.py, normalize_variant.py. Cả bốn chỉ dùng thư viện chuẩn — không cài gì thêm.