academic-paper-writer-pro

学术论文专家（主路由）

[!IMPORTANT] 本文件是主路由入口 + Pipeline B/C 定义 + 排版格式规范库。Pipeline A（OCR 管道）的详细规范请参见 ocr_kb/SKILL.md。 所有管道的 DOCX 生成均使用 docx/SKILL.md 中定义的方法（docx-js 创建新文档 / unpack-edit-pack 编辑现有文档）。

0. 目录规范 (Directory Convention)

[!IMPORTANT] 所有中间文件和生成产物必须严格遵守以下目录结构，禁止在项目根目录下放置任何生成文件（包括 .md、.py、.docx 等）。

项目根目录/
├── resources/
│   ├── pages/          # Pipeline A: 切分出的单页 PNG 图片
│   ├── figures/        # 所有管道: 配图（裁剪的或提取的）
│   ├── md/             # 所有管道: 提取/拆分结果
│   │   ├── page_N.md       # Pipeline A 按页
│   │   └── section_N.md    # Pipeline B/C 按章节
│   ├── scripts/        # 所有 Python 辅助脚本（可跨任务复用，清理时不删除）
│   ├── compiled_paper.md  # 最终汇总的完整 Markdown
│   ├── config.json     # 任务配置（源文件、格式、管道类型），整个任务期间不变
│   └── checkpoint.json # 运行时进度（当前单元、计数器、失败项），随处理进度更新
├── outputs/            # 最终交付的 .docx / .bib 文件 + 核查点中间版本
├── ocr_kb/             # Pipeline A: OCR 工作流 Skill
│   └── SKILL.md
├── docx/               # Word 文档操作 Skill（DOCX 生成的技术实现基础）
│   └── SKILL.md
├── pdf/                # PDF 操作 Skill
│   └── SKILL.md
├── content_generation/ # Pipeline D: 论文内容智能生成 Skill
│   └── SKILL.md
├── SKILL.md            # 本文件（主入口路由 + Pipeline B/C + 排版规范库）
└── <source>.*          # 用户提供的原始文件 (.pdf / .doc / .docx / .md / 项目代码目录)

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1. 新任务启动协议 (Step 0: Pre-flight)

[!CAUTION] 以下四项检查必须在执行任何写作或排版动作之前全部完成，不可跳过。

1.0 技能版本检查与自动更新 (Version Check & Auto Update)

在每次启动处理时，必须首先对比用户本地的 skill 版本和现在的最新版本：

• 运行相应的命令（如 git fetch origin && git status -uno）检测本地仓库状态。
• 如果本地版本与最新版本不一致：应当主动提示并帮助用户自动更新：

  "检测到 academic-paper-writer-pro 技能存在最新版本，是否需要帮您自动更新？回复 更新 进行升级，或 跳过 继续当前任务。"

• 若用户选择更新，自动执行更新命令（如 git pull 或 npx skills add https://github.com/tfboy1/academic-paper-writer --skill academic-paper-writer-pro），待更新完成后再进入下一步。

1.1 环境清理确认

检测 resources/ 下的 pages/、md/、figures/ 以及 resources/checkpoint.json 是否存在旧文件。

• 若存在旧文件：列出文件清单，明确询问用户：

  "检测到上次任务的中间文件（N 个页面/章节、M 个 Markdown、K 张配图）。是否删除以避免干扰？回复 删除 清空，或 保留 继续上次任务。"

• 若不存在旧文件：跳过此步。
• 用户选择"删除"时：删除 resources/pages/*、resources/md/*、resources/figures/*、resources/checkpoint.json、resources/config.json。resources/scripts/ 不删除（脚本可复用）。
• 用户选择"保留"时：读取 resources/checkpoint.json，进入断点恢复流程（见 §1.3）。