init

/init

从 raw/ 搭建 wiki：先做确定性 prepare，再跑 planner-guided discovery；raw/notes/ 与 raw/web/ 可种下 provisional scaffold；论文消化仍走并行 /ingest fan-out / fan-in。

按需打开这些本地参考文件：

• references/prepare-and-discovery.md — prepare 流程、最终选择、fetch 与 source-manifest 规则
• references/planner-policy.md — planner 行为与 LLM 裁剪期望
• references/parallel-ingest.md — worktree 隔离、子代理 prompt 合同、merge 与清理

Inputs

• topic（可选）：研究方向关键词；当 raw/ 已定义 seed set 时可省略
• --no-introduction（可选）：禁用外部发现；仅在用户明确要求时使用
• 用户自有素材：raw/papers/、raw/notes/、raw/web/

Outputs

• wiki/ 骨架与 provisional 页面（Summary、topics、ideas、concepts、claims）
• raw/tmp/ 与 raw/discovered/ 预处理来源
• 并行 /ingest 产出的最终论文页面
• .checkpoints/init-*.json 清单，用于恢复与重放
• 更新后的 wiki/index.md、wiki/log.md、wiki/graph/*

Wiki Interaction

Reads

• raw/papers/、raw/notes/、raw/web/
• .checkpoints/init-prepare.json 与 .checkpoints/init-sources.json，供 resume、planning 与 fan-out 使用
• wiki/index.md 以及已有 wiki/topics/、wiki/ideas/、wiki/concepts/、wiki/claims/

Writes

• wiki/ scaffold 与 provisional 页面
• raw/tmp/ 与 raw/discovered/
• wiki/index.md、wiki/log.md、wiki/graph/*
• .checkpoints/init-prepare.json、.checkpoints/init-plan.json、.checkpoints/init-sources.json 与 init-session checkpoint metadata

Graph edges created

• /init 本身只在 provisional 页面需要时写入少量 scaffold 级别的 edges
• 论文驱动的 edges 全部委托给 /ingest

Workflow

前置条件：当前目录为项目根，且包含 wiki/、raw/、tools/。设 WIKI_ROOT=wiki/。先解析一次 PYTHON_BIN，并在整个 /init 流程里复用它，确保运行时使用与 setup.sh 安装依赖时相同的解释器：

# 通过 git 找到项目根，让 worktree 中的 subagent 也能定位 .venv。
# .venv 被 gitignore，subagent 的 cwd 在 ../.worktrees/<branch>/ 时本地没有
# .venv——若不解析项目根，PYTHON_BIN 会回退到系统 python3，既丢失 .env 里的
# API key，也丢失安装的依赖（deepxiv-sdk 等）。
# git rev-parse --git-common-dir 无论 cwd 位于哪个 worktree 都返回主仓库的
# .git 目录；其父目录即项目根。
GIT_COMMON_DIR=$(git rev-parse --git-common-dir 2>/dev/null || true)
PROJECT_ROOT=""
if [ -n "$GIT_COMMON_DIR" ]; then
  PROJECT_ROOT=$(cd "$(dirname "$GIT_COMMON_DIR")" 2>/dev/null && pwd)
fi

if   [ -x "$PROJECT_ROOT/.venv/bin/python" ];         then PYTHON_BIN="$PROJECT_ROOT/.venv/bin/python"
elif [ -x "$PROJECT_ROOT/.venv/Scripts/python.exe" ]; then PYTHON_BIN="$PROJECT_ROOT/.venv/Scripts/python.exe"
elif [ -x .venv/bin/python ];                         then PYTHON_BIN=.venv/bin/python
elif [ -x .venv/Scripts/python.exe ];                 then PYTHON_BIN=.venv/Scripts/python.exe
else                                                       PYTHON_BIN=python3
fi
export PYTHON_BIN