med-paper-assistant: Skill for Claude Code

Pipeline 持久化 — 結構化搜尋計畫管理

描述

將複雜的搜尋流程保存為可重複使用的 Pipeline YAML 配置。支援：

• 從模板快速建立（PICO、comprehensive、exploration、gene_drug）
• 自訂 DAG（有向無環圖）多步驟管道
• 雙層儲存（workspace + global）
• 自動驗證 + 激進式自動修正（21 條規則）

觸發條件

• 「把這個搜尋存起來」、「建立搜尋計畫」
• 「每週跑一次這個搜尋」、「保存這個 pipeline」
• 「列出我的管道」、「上次的搜尋可以再跑嗎」
• 「把剛才的搜尋轉成 search plan」

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🌟 快速開始

方法 1: 用模板（最簡單）

# 保存一個 PICO 模板 pipeline
save_pipeline(
    name="icu_remimazolam_vs_propofol",
    config="""
template: pico
params:
  P: ICU patients requiring sedation
  I: remimazolam
  C: propofol
  O: delirium incidence, sedation quality
""",
    tags="anesthesia,sedation,ICU",
    description="Weekly monitoring: remimazolam vs propofol ICU sedation"
)

# 執行已保存的 pipeline
unified_search(pipeline="saved:icu_remimazolam_vs_propofol")

方法 2: 自訂 DAG（完整控制）

save_pipeline(
    name="brca1_comprehensive",
    config="""
steps:
  - id: expand
    action: expand
    params:
      topic: BRCA1 breast cancer
  - id: pubmed
    action: search
    params:
      query: BRCA1 breast cancer
      sources: pubmed
      limit: 50
  - id: expanded
    action: search
    inputs: [expand]
    params:
      strategy: mesh
      sources: pubmed,openalex
      limit: 50
  - id: merged
    action: merge
    inputs: [pubmed, expanded]
    params:
      method: rrf
  - id: enriched
    action: metrics
    inputs: [merged]
output:
  format: markdown
  limit: 30
  ranking: quality
""",
    tags="genetics,oncology",
    description="BRCA1 breast cancer comprehensive search with MeSH expansion"
)

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6 個 MCP 工具

save_pipeline — 保存管道

save_pipeline(
    name="weekly_remimazolam",     # 唯一名稱 (英數 + _ -, max 64)
    config="<YAML or JSON>",       # Pipeline 配置
    tags="tag1,tag2",              # 逗號分隔標籤
    description="...",             # 人類可讀描述
    scope="auto"                   # "workspace" | "global" | "auto"
)

自動修正範例：

• action: "find" → 自動修正為 action: "search"（別名解析）
• action: "serach" → 自動修正為 action: "search"（模糊匹配）
• 缺少 step ID → 自動生成 step_1, step_2...
• 重複 step ID → 自動重命名 s1 → s1_2
• 循環依賴 → 自動移除問題引用