rootcause-mcp: Skill for Claude Code

研究編年史指南

描述

build_research_chronicle 是研究演化的唯一入口，取代了舊的三個 timeline 工具。

和一次性快照最大的差別：chronicle 會以遞增 revision 持久化儲存。之後重跑同一個主題會產生 revision N+1，就能做版本比對，回答「上次之後改變了什麼」。

主軸是時序（線性），分支 (lineage) 是次要組織維度。兩者都是同一份 snapshot 的投影，所以 output="timeline" 和 output="tree" 永遠不會互相矛盾。

---

快速決策樹

使用者問研究演化？
├── 「這個領域怎麼走到今天」 → build_research_chronicle(topic="...")
├── 「把我剛剛找的整理成脈絡」 → build_research_chronicle(pmids="last", topic="...")
├── 「上次之後有什麼新的」 → read_research_chronicle(action="diff", chronicle_id="...", from_revision=N)
├── 「哪些是里程碑 / 領域分佈」 → read_research_chronicle(action="milestones", chronicle_id="...")
├── 「A 和 B 兩個主題比較」 → read_research_chronicle(action="compare", topics="A,B")
└── 「幫我寫成一段敘述」 → read_research_chronicle(action="narrate", chronicle_id="...", mode="full")

---

建立與更新

# 建立（重跑同一主題會自動產生 revision N+1）
build_research_chronicle(topic="remimazolam ICU sedation")

# 從上一輪搜尋結果建立
build_research_chronicle(pmids="last", topic="My Reading List")

# 明確接續某個 chronicle
build_research_chronicle(topic="remimazolam", chronicle_id="remimazolam-9f2b1c4d")

回傳的 summary 開頭就是時序主軸 (Chronological Spine)，下面才是研究分支。 Chronicle ID 會出現在 summary 裡，後續 read_research_chronicle 都要用它。

輸出格式 (output)

格式	用途
summary	預設。緊湊 Markdown，含時序主軸
timeline	時序投影 JSON
tree	研究脈絡樹 JSON（分支式演化）
graph	型別化 provenance graph（證據溯源）
evidence	去重後的證據表
milestones	里程碑分佈與證據品質統計
mermaid / mindmap	可直接在 VS Code / GitHub 預覽
narrative	有證據支撐的敘述
json	完整 snapshot

不論 output 選哪個，完整 snapshot、所有投影、證據表、里程碑分析與 audit 一律寫入 artifact。

---

讀取與比對

# 列出已儲存的 chronicles
read_research_chronicle(action="list")

# 讀取某個版本（預設最新）
read_research_chronicle(chronicle_id="remimazolam-9f2b1c4d", output="tree")
read_research_chronicle(chronicle_id="remimazolam-9f2b1c4d", revision=2, output="timeline")

# 版本比對：新增/退場/更新的 entries、證據與分支變化
read_research_chronicle(action="diff", chronicle_id="remimazolam-9f2b1c4d", from_revision=1)

# 里程碑分佈（讀已存證據，不重跑搜尋）
read_research_chronicle(action="milestones", chronicle_id="remimazolam-9f2b1c4d")

# 主題比較（含共用證據分析，最多 5 個）
read_research_chronicle(action="compare", topics="remimazolam,propofol,dexmedetomidine")