pubmed-search-agent: Skill for Claude Code

PubMed NL Search

Trasforma una richiesta in linguaggio naturale in una ricerca PubMed reale, poi filtra i risultati per pertinenza rispetto all'intento dell'utente.

Eseguire i comandi Python dalla radice del progetto (dove c'è pytest.ini), con src sul PYTHONPATH — es. PYTHONPATH=src python -m nl_query_translator .... Serve un file .env valido con NCBI_API_KEY, NCBI_TOOL_NAME, NCBI_EMAIL.

Flusso

1. Estrai il JSON intermedio dalla richiesta

Analizza la richiesta NL e costruisci questo JSON (schema esteso con provenienza):

{
  "intento_originale": "<la richiesta dell'utente, verbatim>",
  "concetti": [
    {"termine": "<concetto>", "sinonimi": ["<variante>"], "mesh": "<termine MeSH o null>", "provenienza": "<perché estratto>"}
  ],
  "operatore_tra_concetti": "AND",
  "esclusioni": [{"termine": "<da escludere>", "campo": "pt", "provenienza": "<perché>"}],
  "filtri": {
    "date": {"da": "<anno>", "a": "<anno>", "tipo": "dp"},
    "tipi_studio": ["<publication type>"],
    "lingua": "<lingua o null>",
    "brevetto": true
  }
}

Linee guida per l'estrazione:

• Concetti: i nuclei clinici/scientifici della richiesta. Aggiungi sinonimi utili (varianti terminologiche, non traduzioni). Per il campo mesh, se hai un candidato plausibile (es. melanoma), non limitarti al tuo giudizio: verificalo con il resolver (vedi sotto) prima di popolarlo nel JSON finale.
• operatore_tra_concetti: AND di norma (l'utente vuole tutti i concetti insieme). Usa OR solo se la richiesta è esplicitamente alternativa ("melanoma o carcinoma").
• Esclusioni: frasi come "escludendo X", "senza X", "non case report" → NOT. Per i tipi di pubblicazione usa campo: "pt"; per termini liberi ometti campo.
• Filtri date: "ultimi 3 anni" → calcola dalla data odierna (da = anno corrente − 3, a = anno corrente). tipo: dp (data di pubblicazione) di default.
• Tipi di studio: "trial randomizzati" → randomized controlled trial; "meta-analisi" → meta-analysis; "review" → review. Più tipi vengono uniti in OR automaticamente.
• Lingua: solo se la richiesta la specifica ("in inglese" → english).
• Brevetto: imposta brevetto: true quando la richiesta chiede articoli i cui autori dichiarano un brevetto ("che dichiarano un brevetto", "con brevetto registrato", "autori con brevetti"); ometti il campo (non impostarlo a false) quando non richiesto. Aggiunge AND "patent*"[cois] alla query. Attenzione: PubMed non indicizza i brevetti — il filtro cerca nel Conflict of Interest Statement, che è testo libero. Cattura quindi anche le dichiarazioni negative ("gli autori non detengono brevetti"): vanno scartate leggendo coi_statement nella fase 5.