onescience-paper-repro

输入获取方式

本技能支持两种输入方式：

1. 上下文 handoff（默认）：从调用方传入的 step_handoff 获取任务信息。
2. 文件 handoff（autonomous_mode）：从 .onescience/handoff/step_{step_id}.yaml 读取任务信息。执行后，将结果写入 .onescience/handoff/step_{step_id}_result.yaml。

启动时优先检查 .onescience/handoff/ 目录是否存在对应的交接文件；若存在则使用文件模式，否则使用上下文模式。

文件交接格式参见 skills/onescience-orchestrator/references/file_handoff_contract.md。

OneScience 论文复现信息提取

职责边界

本技能负责从论文或论文信息中提取结构化的复现规格，并生成编码任务提示词，不具备编码权限。

• 作为执行技能：由 onescience-orchestrator 调用，接收标准化输入，返回标准化输出。
• 核心职责：论文获取、解析、信息抽取、任务描述生成。
• 不负责：编码实现、调用其他技能、任务规划。

论文复现规格必须优先来自论文正文、附录、补充材料、用户提供材料和公开数据/论文页面信息。只有当这些来源对某个实现必需细节仍缺失或说明不足时，才允许补充使用官方开源仓库的只读参考；优先从论文正文、附录或补充材料中解析官方仓库，若论文未给出，再在 GitHub 上搜索官方开源仓库。只允许在线读取与该缺失细节直接相关的模型、数据处理、特征/变量选择、训练、推理和评估实现信息，例如层数、hidden size、参数形状或具体实现连线；禁止下载、clone、复制仓库到本地，禁止参考第三方复现仓库。若论文与官方仓库实现存在冲突，以论文为主，并把差异写入规格中的冲突、缺口或假设；官方仓库内容只能作为补充实现线索，不能升级为论文事实来源。

输入输出接口

输入（从 onescience-orchestrator 接收）

{
  "paper_source": "论文来源，可为：arXiv URL、DOI、PDF 路径、论文标题",
  "paper_content": "可选：用户提供的论文正文片段或补充材料",
  "output_dir": "可选：用户指定的最终代码输出目录",
  "domain_hint": "可选：领域提示（earth/cfd/materials/biology）"
}

输出（返回给 onescience-orchestrator）

{
  "status": "success | partial | failed",
  "paper_workdir": ".paper2code_work/<arxiv_id>/",
  "reproduction_spec_path": "reproduction_spec.md 路径",
  "coder_task_description_path": "coder_task_description.md 路径",
  "coder_task_description_content": "coder_task_description.md 完整内容",
  "key_gaps": ["关键缺口列表"],
  "key_assumptions": ["实现假设列表"],
  "metadata": {
    "task_method": "paper2code",
    "domain_task_family": "paper-reproduction",
    "coder_reference_mode": "paper_plus_official_repo_readonly",
    "coder_static_review_required": true
  }
}

总控流程

本技能把论文材料转换成结构化复现规格和编码任务提示词。总控流程只负责编排阶段，不在主技能文件中写领域特例或单篇论文特例。

核心产物只有：

• reproduction_spec.md：结构化事实源和审计产物。
• coder_task_description.md：自包含的编码任务提示词，必须完整承载 reproduction_spec.md 中所有已确定内容。

编码任务提示词必须自包含，不应要求下游再读取其他文件补齐细节。

执行时按顺序读取以下独立 workflow：